（1）预处理系统的运行监控
预处理系统出水（RO给水）最重要的检测项目是SDI。通常对于以深井水为水源的预处理系统，每班需要测定一次SDI，而对于以地表水为水源的预处理系统，则应增加监测次数，通常为2-4小时检测一次SDI。可使用在线自动SDI检测仪，较为方便。
如使用阻垢剂，则应定期检查阻垢剂加药系统，每班应对阻垢剂的加入量作记录，并与此期间反渗透系统的产水量所要求的阻垢剂加入量进行核对。
如使用酸调整pH值，虽目前一般使用自动加酸系统来控制，但为了保证加酸系统的可靠运行，应经常对pH测定仪进行校核。
其他需要监控的项目有混凝剂的加入量，多介质过滤器、活性炭过滤器的运行压差，COD、游离氯的浓度，保安过滤器的压力、各段压差等。
（2）反渗透装置的运行监控
流量、压力、温度及电导率均应有在线仪表进行监测，如有条件还可以设置自动记录系统。
流量包括反渗透进水、产品水、浓缩水的流量，由于这些流量的比值确定了反渗透装置的回收率，而较设计值过高或过低的回收率均会对运行产生不良的后果，因此，保证流量监测仪表的准确性尤为重要。
压力包括反渗透进水、各段进水、浓缩水、产品水等的压力，在恒定的压力及温度下，产品水流量的下降则表了膜正在受到污染。
电导率包括反渗透进水和产品水的电导率，电导率的大小反映了水中含盐量的高低，从而反映了产品水水质的变化。产品水水质的下降反映了膜的污染程度或其他可能的情况，如O形密封圈的损坏等。
（3）计算机实时监控
反渗透应用于电站锅炉补给水和海水淡化等系统中，计算机实时监控是采用分散控制，集中监视的DCS控制系统。系统由工控机作为操作站，组成一个高可靠性和高效率的DCS控制系统；它主要对水质、流量、水温、水压和pH值等物理对象的有关模拟信号进行实时采集、存储、统计、制表和打印。